Állatkertünk nem csak a változatos állatvilág bemutatójául és a távoli tájak veszélyeztetett állatfajok „bárkájaként” szolgál, hanem aktívan részt vesz a közvetlen környezetünk természetvédelmében is. A Bükki és az Aggteleki Nemzeti Parkokkal együttműködve természetvédelmi mentőhelyként ugyanis évente több mint száz védett és fokozottan védett állat kerül be állatkertünkbe, amelyek többnyire az emberi tevékenységek következtében sérülnek meg, vagy árvulnak el. Ezen állatok közül azok, amelyeket sikerül felgyógyítanunk vagy felnevelnünk, a későbbiekben újra visszanyerik szabadságukat.